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Géodes : de nouveaux indicateurs en open data

Depuis le début de l’épidémie, Santé publique France met à disposition de tous les données issues des systèmes de surveillance : contaminations, hospitalisations, entrées en réanimation, mortalité, couverture vaccinale, variants et mutations. Ces indicateurs se déploient au plus près des populations et des territoires et permettent de fonder la stratégie de lutte contre l’épidémie. Sont disponibles en open data :les données de couverture vaccinale concernant les moins de 18 ansles nouveaux indicateurs relatifs au criblage des 3 mutations d’intérêt (E484K, E484Q et L452R), conformément à ce qui avait été annoncé au moment du changement de stratégie de criblageCouverture vaccinale des moins de 18 ans Le 15 juin 2021, une nouvelle étape dans la campagne de vaccination a été franchie avec l’ouverture de la vaccination aux adolescents de 12 à 17 ans inclus. Deux semaines après, Santé publique France publie en open data les couvertures vaccinales chez les moins de 18 ans avec la répartition par tranche d’âge suivante : 0-4 ans, 5-9 ans, 10-11 ans, 12-17 ans. Les vaccinations observées chez les enfants de moins de 12 ans correspondent probablement à des enfants à très haut risque de forme grave de COVID-19.Les indicateurs de couverture vaccinale publiés sur la plateforme Géodes concernent les vaccinations avec au moins une dose et les vaccinations complètes, réalisées avec le vaccin Pfizer-BioNTech, le seul actuellement autorisé aux mineurs par l’agence européenne des médicaments (EMA). 

Indicateurs en open dataCouverture vaccinale des personnes complètement vaccinées selon l’âge (%) – 0-4 ansCouverture vaccinale des personnes complètement vaccinées selon l’âge (%) – 5-9 ansCouverture vaccinale des personnes complètement vaccinées selon l’âge (%) – 10-11 ansCouverture vaccinale des personnes complètement vaccinées selon l’âge (%) – 12-17 ans  Tous les indicateurs de suivi de la vaccination sont disponibles sur Géodes en cliquant sur C > COVID-19 > vaccination.Plus d’informations sur la vaccination :vaccination contre la COVID-19dossier vaccinationvaccination-info-service.fr

Cinq nouveaux indicateurs sur les mutations d’intérêtDepuis le 31 mai 2021, la stratégie de criblage a évolué pour rechercher certaines mutations d’intérêt pouvant être retrouvées dans différents variants. Elle permet de suivre l’évolution dans le temps et sur le territoire de la proportion des infections dues à un virus porteur de ces mutations. Les mutations E484K, E484Q et L452R ont été sélectionnées car elles sont potentiellement liées à un échappement immunitaire et/ou à une augmentation de transmissibilité et sont retrouvées dans la majorité des VOC à ce jour.Connaissances disponibles sur les mutations E484K, E484Q et L452R ou les variants qui les portent au 30/06/2021MutationDate de la 1re séquence dans GISAIDVariants portant la mutationImpact de la mutationE484KA l’international : 16/04/2020En France : 12/11/2020VOC 20H (V2, B.1.351, Beta)VOC 20J (V3, P.1, Gamma)VOC 20I/484K (B.1.1.7+E484K)VOI 21D (B.1.525, Eta)VOI 20B (B.1.1.318)VUM 21F (B.1.526, Iota)VUM 20C (B.1.619)VUM 20A (B.1.620)VUM 20B (P.2, Zeta)Nombreuses données in vitro :- Diminution d’efficacité de la réponse humorale neutralisante (post-infection, post-vaccinale et anticorps monoclonaux)Données épidémiologiques :- Augmentation du nombre de variants porteurs cette mutation- Augmentation de la détection de cette mutation au niveau international au cours du 1er trimestre 2021, stabilisation depuis avril 2021 (11% des séquences mondiales, hors Royaume-Uni, pour des prélèvements de la période 01/06-29/06/21)*E484QA l’international : 09/03/2020En France : 21/02/2020VOC 20I/484Q (B.1.1.7+E484Q)VOI 21B (B.1.617.1, Kappa)Données in vitro très limitées :- Impact hypothétique sur l’efficacité de la réponse humorale neutralisante, non démontréDonnées épidémiologiques :- Nombre limité de variants porteurs de cette mutation- Faible détection de cette mutation au niveau international (0,2% des séquences mondiales, hors Royaume-Uni, pour des prélèvements de la période 01/06-29/06/2021)*L452RA l’international : 17/03/2020En France : 15/10/2020 Données in vitro assez nombreuses :- Diminution d’efficacité de la réponse humorale neutralisante (post-infection, post-vaccinale et anticorps monoclonaux)- Augmentation de l’affinité du virus pour son récepteur cellulaireDonnées épidémiologiques :- Augmentation du nombre de variants porteurs de cette mutation- Augmentation de la détection de cette mutation au niveau international (30% des séquences mondiales, hors Royaume-Uni, pour des prélèvements de la période 01/06-29/06/2021)** Les séquences déposées par le Royaume-Uni représentent environ 60% de la totalité des séquences de SARS-CoV-2 déposées dans GISAID à l’échelle internationale, sur la période 1er – 28 juin 2021. Afin d’éviter un biais d’interprétation des données à l’échelle mondiale, les séquences britanniques ont été exclues de l’analyse sur cette période.Avant de publier ces données en open data, Santé publique France s’est assurée de la montée en charge effective des nouveaux kits de criblage, de la qualité et l’exhaustivité des données et la production et l’organisation du partage de l’ensemble des nouveaux indicateurs.

Indicateurs en open data Dès aujourd’hui de nouveaux indicateurs permettront de suivre la circulation des mutations sur le territoire national :  Nombre de PCR de criblageTaux des tests criblésTaux de tests avec présence de la mutation E484KTaux de tests avec présence de la mutation E484QTaux de tests avec présence de la mutation L452RPlus d’informations sur la circulation des variants :coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2

La mise à disposition de ces nouveaux indicateurs, fiables et expertisés, contribue à une bonne information des publics et un appui à la gestion de l’épidémie de COVID-19. 

Publication originale intégrale : santepubliquefrance.fr



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